Первая школа на селе была организована в 1804 году. Это была церковно-приходская школа, в которой дети обучались грамоте и законам церкви. Село росло и после прихода советской власти школа изменилась. В 1937 году школа стала «семилеткой». В 1945 году школа уже называется средней и в 1947 г. был первый выпуск Краснозаводской средней школы. Для нормального функционирования средней школы было построено двухэтажное деревянное здание в центре села на правом берегу р.Чулым.
В 50-60 годы ХХ века Краснозаводская средняя школа была кустовая. Здесь учились дети, и подростки села, продолжали учебу в старших классах дети левобережной начальной школы. При школе был интернат. Это была самая крупная школа Боготольского района. В 1966 году было построено рядом кирпичное здание под начальную школу.
В 1993 году старое деревянное здание школы было разрушено в результате аварии энергосетей и на этом месте было заложено новое. Открытие нового здания Краснозаводской средней школы состоялось 1 сентября 1999 года. В настоящее время в школе обучается 67 человек и работает 11 педагогов.